Nell’atrio d’entrata, oltre al bancone dell’accoglienza e la vendita di varie pubblicazioni, troviamo un bassorilievo quattrocentesco in pietra con la Vergine incoronata ed angeli e la copertura lignea settecentesca del fonte battesimale della Basilica.
Lungo il corridoio, nella prima saletta con le sue bacheche sono esposti dei documenti sulla storia della Parrocchia e della sua chiesa. Nella seconda sala, ex sagrestia, alle pareti sono esposti sette affreschi “strappati” dalla facciata est dell’oratorio quattrocentesco dei Disciplini. Nelle sale al primo piano collegato al terzo oratorio superiore, ecco uno splendido baldacchino della seconda metà del XVI sec., due quadri storici del primo 8oo ed una piccola raccolta di ex voto. Sulle pareti del terzo oratorio sono esposti quadri devozionali di Carlo Ceresa (XVII sec.) di Antonio Cifrondi (primo quarto del XVIII sec.) e di Lattanzio Querena (primo quarto XIX sec.).
Spiccano due tavole lignee quattrocentesche con i profeti appartenenti alla vecchia Chiesa parrocchiale (fine XIV sec). Nelle vetrine: calici, carte-glorie, piatti, ostensori appartenenti alla sagrestia della Basilica. In altre vetrine: reliquiari del seicento e settecento, un ostensorio ed una croce processionale di Claudio Nani (1943). Sulla parete sud accanto al seicentesco altare, un crocefisso processionale del primo settecento della bottega di Andrea Fantoni e alcuni affreschi quattrocenteschi con la “Madonna della misericordia” e il “Cristo flagellato” con i disciplini, riscoperti durante i restauri dell’Oratorio seicentesco superiore.
La galleria, con tele rappresentanti i santi della devozione clusonese, porta ad una saletta dedicata alla devozione alla Vergine. Ci sono quadri della Sacra Famiglia, della Madonna del Carmine, dell’Assunta, della Vergine Addolorata con accanto la preziosa veste della “Madonna da vestire” del Rosario. La loggia dell’atrio presenta diverse vetrine con preziose vesti e paramenti liturgici. Dietro, una serie di pannelli illustra la storia della costruzione della Basilica e le sue opere artistiche. Nelle sale del primo piano trovano posto anche diversi quadri provenienti dalla sagrestia della Basilica: ritratti di vescovi bergamaschi del XVIII e XIX secolo, ritratti di arcipreti, tele di soggetto floreale del XVII sec.
