Gestito dal comune e insediato nella settecentesca Villa Sottocasa, il museo espone reperti archeologici, dipinti e sculture, accanto a installazioni interattive e multimediali, che narrano il territorio posto a nord est di Milano, tra il fiume Lambro e l'Adda. Nel 2012 il museo ha ottenuto la nomination all'EMYA, European Museum of the Year Award, oltre ad aver vinto il Premio ICOM Italia come Museo dell'Anno 2012, nella categoria Miglior Allestimento.

Il museo raccoglie, cataloga, conserva, espone testimonianze culturali, dai reperti archeologici ai beni storico-artistici, dai video alle tradizioni orali, per tessere attorno a questi oggetti una narrazione evocativa e scientificamente valida del nostro passato. Narrazione che diventa lo strumento di mediazione attraverso il quale contenuti complessi, come l'opera d'arte o il documento storico, vengono tradotti in un linguaggio divulgativo e attuale.

La collezione comprende circa 90 reperti archeologici di età romana rinvenuti a Vimercate, datati a partire dal I sec. d.C. fino al IV sec. d.C. La maggior parte degli oggetti è di proprietà statale ed è conservata al MUST in virtù di un accordo di deposito.

Il museo comprende, accanto al percorso espositivo, il Centro di documentazione con una biblioteca di storia locale, l'archivio fotografico storico, la collezione di filmati su vari supporti.