L'esposizione è sistemata in quattro stanze della Casa del Castellano nella parte più alta della Rocca di Lonato. I circa trecentocinquanta esemplari esposti sono organizzati secondo criteri ecologici e raggruppati per ambiente di appartenenza in otto grandi vetrine (ambiente boschivo, montano, alto montano, mediterraneo, zone umide salmastre, zone umide d'acqua dolce, rurale, urbano, migratori del Lago di Garda).

Ogni esemplare è accompagnato da una scheda didascalica che riporta le principali notizie sulla specie, altre illustrazioni sullo sfondo della vetrina aiutano a comprendere meglio ciò che si vede.

Sono presenti anche vetrine con esemplari estinti in Italia, rarità, ibridi e casi teratologici più una vetrina di uccelli provenienti dal Brasile e una con libri appartenuti a Gustavo Carlotto.