La Casa del Podestà sorse verso la metà del Quattrocento quale sede del rappresentante di Venezia, cui era demandato il controllo del territorio. Lonato fu sottoposta alla dominazione della Serenissima Repubblica di Venezia dal 1441 per oltre 350 anni, interrotti solamente dal breve governo del marchese Francesco Gonzaga (dal 1509 al 1516).

Dopo che Napoleone cedette Venezia all'Austria, la Casa del Podestà passò prima di proprietà del demanio austriaco (che ne fece una caserma) ed in seguito al comune di Lonato che si disinteressò completamente dell'edificio.

All'interno della Casa del Capitano della Rocca ha sede il Museo Civico Ornitologico, una collezione di uccelli impagliati riunita nei primi anni del '900, che presenta in maniera pressochè completa l'avifauna italiana.