Attualmente il museo ospita due preziose collezioni donate al comune dai cittadini di Virgilio: la collezione di arte moderna di Ugo Celada e la collezione archeologica Vincenzo Prati. La prima raccoglie 55 dipinti del grande pittore Ugo Celada nato a Virgilio nel 1805 e morto all'età di 100 anni. Pur evidenziando affinità con importanti artisti del passato che a lui contemporanei, l'arte pittorica di Ugo Celada mantiene una sua precisa originalità, dovuta alla complessità del messaggio delle sue opere e alle sue eccezionali doti tecniche.

La collezione archeologica raccoglie vasi cinerari, olle e monete di epoca romana rinvenuti, a partire dal 1873 da Vincenzo Prati in un terreno di sua proprietà noto con il nome di Loghino, nell'area compresa tra Pietole Vecchia e l'antico argine del fiume Mincio. Nel museo è inoltre presente una sezione dedicata al poeta Publio Virgilio Marone, nella quale è possibile visionare, oltre ai volumi di interesse storico e letterario, un percorso didattico sulle opere e sulla vita del poeta e una preziosa ceramica rinascimentale raffigurante Virgilio.