Il museo è articolato in due sale che accolgono reperti dell'età del Bronzo, dell'età del Ferro e dell'età romana appartenenti alle collezioni civiche Greggiati e Gemma; un terzo ampio ambiente è riservato a esposizioni e sala didattica.

La prima sala ospita materiali della civiltà terrimaricolo-palafitticola dell'età del Bronzo, raggruppati secondo un criterio funzionale (ceramica, strumenti in osso/corno, fusaiole, pesi da telaio, etc.). Le vetrine sono corredate da un ricco apparato didattico: i plastici rappresentano sepolture e strumenti della vita quotidiana; i pannelli esplicativi servono, oltre che a dare un quadro storico e archeologico del periodo del Bronzo, a illustrare le tecnologie più antiche dell'uomo, quali la produzione della ceramica, la tessitura e la fusione dei metalli.

Nella seconda sala sono esposti oggetti dell'età del Ferro (civiltà etrusca e paleoveneta) e una ricca raccolta di materiali di epoca romana, quando la latina Hostilia, vicus Veronensium (Tacito, Annali) godeva di una notevole prosperità dovuta alla fertilità dei terreni e soprattutto al suo ruolo di scalo portuale sul fiume Po, nel punto in cui la via Claudia-Augusta, proveniente dal Danubio attraverso la valle dell'Adige, superava il Po. I reperti romani, rappresentati da ceramica fine da mensa, anfore, balsamari, monete, insieme ai pannelli didattici, concorrono a ricostruire la storia e le caratteristiche del vicus romano di Hostilia, con il suo porto, le sue necropoli, le sue ville urbano-rustiche ubicate nelle campagne.