Il Museo raccoglie materiale romano recuperato in vari scavi e ricerche avvenuti sin dal XVII secolo in Val Camonica.

Il museo è suddiviso in quattro sezioni:

- il territorio, con i reperti della conquista romana nel 16 a.C.
- la città, con la ricostruzione dell'antica Civitas Camunnorum
- i culti, tra cui la statua di Minerva, una delle tre repliche tuttora esistenti, forse la migliore, dell'Athena Hygieia di Atene (V secolo a.C.)
- le necropoli, con i reperti recuperati dai siti della Val Camonica.

Il museo si pone inoltre come elemento di collegamento con i siti archeologici di età romana presenti nei dintorni (il Parco Archeologico del Teatro e dell'Anfiteatro e l'area archeologica del Foro in via Palazzo a Cividate Camuno; il Parco Archeologico del Santuario di Minerva in località Spinera di Breno) e più in generale come raccordo con il territorio, alla cui promozione culturale contribuisce con le sue iniziative.