Il Museo è ospitato nelle seicentesche Scuderie Aldobrandini. Due sale poste al piano terra ospitano la collezione archeologica, costituita principalmente da reperti provenienti dalla città latina di Tusculum e del territorio circostante. Il percorso segue criteri tematico-cronologici presentando materiali che coprono un arco cronologico che va dalla protostoria al medioevo, con particolare attenzione all’epoca repubblicana ed imperiale. Lungo le pareti perimetrali sono collocati terrecotte architettoniche, statue, sarcofagi ed epigrafi, mentre nella spina centrale sculture, intonaci, ex voto, bronzi, oggetti da toletta e raffinate lastre di argilla.

Le sale sono arricchite da capitelli, urne cinerarie, cornici, architravi, monete e statue marmoree. Nella sezione storico-artistica sono esposti i modelli in scala delle prestigiose Ville Tuscolane, edificate dalle più importanti famiglie dell'aristocrazia romana che determinarono la rinascita di Frascati nel corso del 1500 e del 1600. Sono inoltre esposte numerose medaglie rinascimentali.