Il Museo si articola in varie sezioni che spaziano dalla formazione del territorio alle più antiche fasi dello sviluppo umano, dalla protostoria ai periodi etrusco e romano, dal Medioevo al Rinascimento, trattando anche delle tradizioni popolari e del dialetto locale.

Il percorso museografico si conclude con l'illustrazione del lago di Bolsena, il più grande di origine vulcanica d'Europa, esaminato sotto vari aspetti, con particolare riferimento all’ecosistema lacustre, alla fauna, alla flora e alle attività di pesca, antiche e moderne.

Dal maggio del 2011 è allestito al piano inferiore del museo un grande acquario d’acqua dolce, dove, in un contesto di carattere didattico, vengono presentate le specie ittiche, i crostacei, gli anfibi e i molluschi più caratteristici del lago di Bolsena e dei fiumi del circondario.