Il Museo è allestito nelle sale di Palazzo Lercari, edificato nel 1727 dal cardinale Nicolò Maria Lercaro, segretario di Stato di papa Benedetto XIII (1724 - 1730). Il palazzo ospitò più volte il pontefice e nel 1757, alla morte del cardinale, fu donato alla Curia diocesana come residenza vescovile, in quanto fino ad allora la città era sprovvista di una residenza per il proprio cardinale vescovo.

L'itinerario museale si sviluppa in tre piani espositivi, lungo il quale sono presentati reperti archeologici, opere e suppellettile liturgica, databili dall'epoca romana imperiale al XX secolo.