Istituito nel 2006, il museo raccoglie reperti che abbracciamo un periodo molto lungo, dal basso medioevo al sec. XVIII, e raccontano la vita del borgo dalla caduta dell’Impero Romano. Le vetrine contengono reperti provenienti da scavi urbani all'interno del centro storico della città di Capena (La Rocca - Paraterra - finestracce), risalente al XV secolo, fu anche sede municipale di Leprignano (Capena), sulla sua sommità spicca l'antico orologio a contrappesi.

Un aspetto importante è la presenza di materiali longobardi pertinenti ad una sepoltura femminile (pettine in avorio, anello in bronzo, orecchino a cestello, coltellino con agemina in oro). Sono presenti anche speroni di cavaliere e proiettili di macchine da assedio.

Una menzione particolare meritano le monete presenti nel museo: al piano terreno si trova una grossa moneta bizantina, raffigurante l’imperatore Giustiniano, mentre al primo piano, tra le altre, si trova una moneta del XIV secolo, relativa al libero comune di Prato, che testimonia la presenza sul territorio dei mercanti di panno e sete medievali.