Gli oggetti e le opere d'arte esposti illustrano la vita di Bracciano nel corso dei secoli dai primi insediamenti etruschi al XIX secolo e sono ordinati in tre sezioni: introduttiva, archeologica e storico-artistica. La prima sezione introduce il visitatore al museo ed alla Comunità di Bracciano, intesa come l'istituzione dalla quale avrà origine il Comune. Vi si trovano mappe e reperti legati alla vita istituzionale; di particolare interesse gli oggetti usati anticamente dai consiglieri comunali. Nella sezione archeologica è temporaneamente esposta parte della collezione Panunzi, della quale fanno parte oggetti scavati nel territorio braccianese databili dal periodo etrusco all'epoca paleocristiana; l'ordinamento segue un criterio cronologico.

La sezione storico artistica, ordinata per temi, contiene opere diverse: la sala a tema "La committenza e gli artisti" contiene opere che furono realizzate per le maggiori committenze locali, pubbliche e private, da artisti chiamati a operare a Bracciano o di origine braccianese. Al centro della sala il bellissimo gruppo scultoreo di Cristoforo Stati (1556-1619), artista di Bracciano. Nella sala a tema "Testimonianze d'arte sacra" sono esposti oggetti, arredi e paramenti liturgici provenienti dalla vicina chiesa di Santa Maria Novella, che era parte del convento. Di particolare importanza è il Cristo Salvator Mundi, attribuito alla cerchia di Andrea Bregno, datato alla fine del XV secolo.