Il Museo Civico ha sede al piano terra della rocca e si articola in due sezioni: quella epigrafica romana e quella medievale e moderna.

Nella prima possiamo trovare materiale archeologico di vario genere, come frammenti architettonici, epigrafi, colonne miliari, urnette funebri, rilievi appartenenti a sepolcri monumentali; nella seconda oltre agli stemmi delle casate dell’Aquila, Caetani e Colonna, che hanno caratterizzato per secoli la storia della città, spicca il raffinato rilievo in alabastro di Domenico Gagini, padre dei celebri Giovanni e Antonello, raffigurante la “Madonna col bambino” (1458).

Numerosi sono i reperti di interesse storico ed artistico rinvenuti nel territorio di Fondi in diverse epoche: un busto colossale notevolissimo di Augusto dai tratti fortemente idealizzati (ritrovato nel 1936 ed ora conservato nel Museo Nazionale di Napoli); un busto giovanile di Cesare Augusto (ritrovato nel 2005 e provvisoriamente custodito nel Museo Archeologico Nazionale di Sperlonga); un ritratto virile, che si dubita possa essere di Giulio Cesare; una statuetta di fanciulla romana in veste di Diana; alcuni torsi virili; una testa di caprone; diversi marmi tra cui un’ara circolare, un puteale marmoreo, un'urna cineraria, e un certo numero di blocchi architettonici (della lunghezza complessiva di oltre 10 metri) appartenenti a un epistilio marmoreo monumentale, adorni di un fine fregio con fiori d'acanto e palmette unite da girali.