Fu fatto costruire a partire dal 1499, dal papa Alessandro VI, all'interno di un vasto programma di rafforzamento delle fortificazioni dei luoghi che si intendeva assicurare alla signoria ereditaria alla famiglia Borgia.

Il progetto è di Antonio da Sangallo il Vecchio, documentato nel cantiere, con numerosi collaboratori, tra il 1499 e la morte del papa nel 1503, che qui lascia una delle più significative della sua attività. Sangallo in quegli anni è architetto di fiducia dei Borgia e specialista nella progettazione di "fortificazioni alla moderna". Dopo i Borgia la fortificazione passò al papato e i lavori furono completati sotto papa Giulio II, forse da Bramante e sicuramente da Antonio da Sangallo il Giovane.

All'interno del perimetro un complesso edificio contenente l'appartamento del papa e un cortile d'onore con un doppio ordine di paraste doriche e ioniche che inquadrano archi e che rappresenta uno dei primissimi esempi di questa soluzione tipica del primo cinquecento e ripresa dell'architettura romana. Un mastio ottagonale fu realizzato anni dopo da Antonio da Sangallo il Giovane.

La fortezza rimase a lungo dimora papale. Nel XIX secolo fu usata come carcere. Dopo un periodo di inutilizzo, oggi è sede del Museo archeologico di Civita Castellana.