La struttura della chiesa dei Santi Ambrogio e Andrea detta del Gesù, finanziata da Marcello Pallavicino figlio di Agostino e Maddalena Spinola, è ad aula unica e presenta una cupola centrale; le campate laterali sono sormontate da piccole cupole pregevolmente affrescate. Marmi policromi e stucchi dorati ornano le pareti interne della Chiesa che fu terminata definitivamente, anche nella parte superiore, solo nel 1892 secondo il disegno originario tramandatoci da Rubens e datato 1622.
Peter Paul Rubens lascia all'interno della chiesa della Compagnia di Ignazio di Loyola due pregevoli dipinti la Circoncisione e il Sant'Ignazio guarisce un'ossessa, ulteriore segno della sua presenza a Genova e della partecipazione del pittore ai lavori della Chiesa che ospita altri tesori di pregevole interesse come la tela dell'Assunzione di Guido Reni e opere di Domenico Piola, Domenico Fiasella, Valerio Castello, Lorenzo De Ferrari, Simon Vouet, Domenico Scorticone, Andrea Pozzo. Le decorazioni della chiesa comprendono anche un ciclo di affreschi dei fratelli Giovanni Battista e Giovanni Carlone che ornano la navata centrale, il transetto, la controfacciata e il presbiterio.
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