Il museo occupa gli ambienti di maggior pregio della canonica settecentesca attigua alla Collegiata di San Giovanni Battista in piazza del Popolo. 

All’interno del museo sono esposti circa cinquanta dipinti della grande scuola bolognese del XV-XVIII secolo e oltre quaranta oggetti di uso liturgico datati a partire dal XIV secolo. Il dipinto di maggiore pregio è la straordinaria tavola del San Giovanni Battista, dedicato al patrono locale, uno dei capolavori di Francesco Raibolini, detto il Francia (1450-1517). Di particolare interesse anche i dipinti di Alessandro Tiarini, Donato Creti ed Ercole Graziani. Alcune opere sono di recente attribuzione: si tratta di Antonio Randa (“Madonna e San Gregorio Magno intercedono per le amine del Purgatorio”) e del persicetano Ercolino De Maria (“Annunciazione”). Meritano una segnalazione anche due ovali riproducenti San Filippo e San Giacomo, le prime opere giovanili di Ubaldo Gandolfi, illustre membro di una famosa famiglia di artisti cui diede i natali la frazione di San Matteo della Decima. Emblema del museo è un’altera Salomè che protende a trofeo la testa mozzata di San Giovanni Battista, proveniente da una pregevole pala d’altare dei fratelli Alberto e Fabio Fabbi aderenti alla corrente orientalista (fine XIX secolo).

Il nucleo di arredi comprende pezzi di considerevole importanza, tra cui l’opera d’arte più antica del museo: una serie completa di libri liturgici databile tra il 1370 e il 1380. Si tratta di cinque corali in pergamena, decorati con miniature di recente attribuite alla bottega del bolognese Nicolò di Giacomo, appositamente commissionati per la Collegiata dal vescovo di Bologna Filippo Carafa. In esposizione si può ammirare anche una ricca serie di argentieri emiliani, tra cui due paci del XVI secolo e un ostensorio del celebre orafo bolognese Camillo Canali (1743-1796).