L’Ecomuseo della Collina e del Vino è organizzato in nove Sistemi, che rappresentano i principali temi del rapporto tra uomo e territorio, dai quali derivano le testimonianze e le memorie che costituiscono il patrimonio culturale di questo territorio. Nella sede dell’Ecomuseo i visitatori possono trovare per ogni Sistema, ciascuno dei quali è contraddistinto da un diverso colore, pannelli didattici con testi di approfondimento ed immagini e oggetti-simbolo particolarmente evocativi.

Le informazioni fornite dai pannelli didattici sono sintetiche e gli oggetti esposti sono in numero limitato, proprio per non concentrare l'attenzione all’interno della Casa del Capitano, ma per indirizzarla all’esterno, che rappresenta la vera sede dell’Ecomuseo. Una volta usciti dalla Casa del Capitano, i visitatori possono percorrere gli itinerari sul territorio, che permettono di entrate in contatto con gli aspetti reali dei Sistemi stessi.