Al nucleo delle collezioni provenienti dal Museo Civico si sono aggiunti, dopo il sisma del 1908, dipinti ed opere scultoree, nonché preziosi manufatti decorativi, appartenuti ad edifici danneggiati e poi abbattuti. Si è così formato un patrimonio di opere che, accanto ai dipinti e alle sculture di autori prestigiosi e di artisti locali, annovera oggetti di arte decorativa di grande rilevanza.

Il Museo illustra l’arte figurativa messinese dal secolo XII al XVIII. Le collezioni di dipinti e sculture, oggetti d’arte e manufatti decorativi sono ordinate secondo un criterio cronologico e comprendono opere di autori prestigiosi come Antonello da Messina, Mattia Preti, Caravaggio, Girolamo Alibrandi, Vincenzo Catena, Annibale Carracci, Francesco Laurana e molti altri.

Del prezioso tesoro proveniente dalla Cattedrale di Messina, oggi al Museo Interdisciplinare Regionale, tra cui il pregevole Ramo fiorito in oro, smalti, perle e smeraldi di orafo messinese fine del XVII secolo18, gli unici gioielli esposti sono quelli delle Due corone di sacra immagine, opera di oreficeria siciliana dell’inizio del XIV e del XVII secolo. Gli altri gioielli, che erano collocati entro una teca a loro dedicata, sono tuttora custoditi nei depositi nel Museo.