Il museo, ubicato all'interno del castello normanno-svevo, è diviso in quattro sezioni principali: reperti da edifici sacri, da necropoli, da collezioni private e i materiali d'età romana.

L'esposizione ha inizio con oggetti di età protostorica, frutto di scavi nella zona, come quello di una capanna dell'Enolitico. Figura una spada del XIII secolo a.C., ritrovata fortuitamente presso una tomba del VI secolo a.C. Al primo piano sono esposti reperti dalle quattro aree sacre della città magnogreca.

Il piano inferiore espone reperti provenienti dalle necropoli, databili tra la fine del VII e il IV secolo a.C., tra i quali spicca una laminetta in oro con un'iscrizione in dialetto dorico-ionico che attesta il culto orfico, con consigli per il defunto nell'aldilà. Fu trovata in una tomba di donna databile tra il V e il IV secolo a.C. I reperti della necropoli ellenistica di contrada Piercastello testimoniano la presenza dei Bruzi nella zona, e spicca per la presenza di due guerrieri in ceramica provenienti una tomba a camera monumentale della fine del III secolo a.C.

Nell'ultima sezione, dedicata all'epoca romana, sono custoditi reperti proveniente da Sant'Aloe dove sono state rimesse in luce varie domus e un impianto termale con splendidi mosaici; inoltre, poco distante da lì, negli anni '70, è venuto alla luce un ripostiglio monetale di 867 monete d'argento Brettie databili alla fine del III secolo a.C. Da questa località provengono anche vasi in terracotta sigillata e statue marmoree, fra le quali spicca un busto di Agrippa, di ottima qualità artistica.

Nel cortile è esposto un mosaico del III secolo, ritrovato nei pressi dell'antico porto della città.