Al primo piano, la sezione dedicata al collezionismo, comprende la raccolta preistorica di I. Regazzoni, la collezione dei vasi greci e magno-greci, quella egizia, le sale dei bronzetti, delle gemme e delle monete.

La sezione pre-protostorica, collocata al primo piano, illustra il processo evolutivo che ha portato alla comparsa del genere umano, presentando i materiali archeologici cronologicamente ordinati, scoperti sul territorio comasco.

Paleolitico: il percorso inizia con l’esposizione dei manufatti litici rinvenuti nei siti di Bagaggera, presso Merate, e del Buco del Piombo, sopra Erba.

Mesolitico: gli scavi del Museo di Como presso Erbonne ( S. Fedele d’Intelvi) e sul Monte Cornizzolo,  hanno permesso il ritrovamento e lo studio di diversi manufatti in selce, quali grattatoi, punte, lame di forma triangolare e trapezoidale e microbulini.

Neolitico: è rappresentato dalla cultura della Lagozza, un’ ottima testimonianza dell’evoluzione agricola, della lavorazione ceramica e della fabbricazione di tessuti.

Età del Bronzo: grazie al rinvenimento di “ripostigli”, il visitatore può ammirare armi, oggetti d’ornamento e forme di fusione, interessanti testimonianze della metallurgia preistorica.

Età del Ferro e la Cultura di Golasecca: attraverso molte decine di corredi tombali, esposti nelle vetrine mantenendo l'associazione dei materiali che li costituivano, si segue l'evolversi della cultura di Golasecca. I centri principali di ritrovamento si trovano sul Ticino e più ancora nell'area di Como, dove la continuità insediativa è attestata dall'XI al IV sec.a.C..