Istituito nel 2000, è situato all'interno del complesso monumentale di San Francesco, un ex convento costruito nel XIII secolo e rimaneggiato nel XVI. L'edificio di tre piani, presenta un chiostro e ospita numerosi reperti rinvenuti nei territori di Eboli, Campagna e Oliveto Citra dal neolitico superiore fino al V-IV secolo a.C.

Il percorso espositivo si snoda su quattro sale occupate da arredi funerari e vasellame. Nel chiostro è conservata la stele eburina, un cippo marmoreo di epoca romana riportante una dicitura in latino che attesta il titolo di municipio romano dell'antica Eburum anche se non con un latino molto corretto. Forse il latino, in quell'epoca, già iniziava a fondersi con lingue straniere.