Il museo espone materiali a partire dall'epoca neolitica, come le asce di pietra e raschiatoi di ossidiana da Petilia Policastro; di eccezionale rilievo il frammento di ceramica minoica-micenea (TE I-II / TM I A) da Capo Piccolo, importante insediamento dell'età del bronzo indagato da Domenico Marino; sempre alla sezione preistorica, ma all'età del ferro, appartengono le brocche dal collo rigonfio, le fibule di varia foggia e i rari strumenti, trovati nelle tombe di Cirò.

Di grande importanza le due asce a margini rialzati (una con fine decorazione geometrica, incisa a bulino, è considerata un "unicum") dell'antica età del bronzo provenienti dal Timpone delle Rose Roccabernarda/Petilia Policastro ed i ripostigli, databili all'età del bronzo finale e all'età del ferro, di asce e manufatti in bronzo (alcuni reperti sono "unica") da Cirò e dal territorio a sud di Crotone.

Un'intera sezione è dedicata ai reperti dal santuario di Hera al Capo Colonna: tra gli oggetti esposti numerosi oggetti votivi, frammenti di decorazioni architettoniche in marmo e terracotta e frammenti di sculture. Spicca il frammento di una coppa a figure nere sovradipinte (VI sec. a.C.), con due personaggi barbati, armati di lancia, con copricapo a turbante, affrontati ai lati di un tripode monumentale (da Capo Colonna, scarpata ad est del Tempio A).

Vi è esposto anche il "tesoro di Hera", costituito da preziosi oggetti votivi in oro, bronzo e marmo, rinvenuti nei pressi del santuario durante gli scavi nel Parco Archeologico di Capo Colonna. Tra questi oggetti spiccano, per interesse storico e artistico, lo splendido Diadema Aureo dedicato alla dea Hera Lacinia, protettrice dei crotoniati e non solo, e la misteriosa e ancor più interessante Barchetta Nuragica in bronzo del VII secolo a.C. la cui provenienza resta incerta, e le sue vicissitudini avvolte nel mistero.