Il Museo accoglie i reperti più recenti trovati a Capo Colonna. Il percorso espositivo si snoda attraverso tre sezioni, caratterizzate da colori differenti: verde, viola e azzurro, che corrispondono simbolicamente alla terra, al sacro e al mare.

La prima sezione (verde) è dedicata alla scoperta della colonia romana che si sviluppò nell'area del santuario dal 194 a.C al I secolo d.C. L'insediamento si trasferì poi sulla rupe dell'antica acropoli di Kroton , nucleo del centro storico della medievale e viceregnale Cotrone, oggi Crotone. Le vetrine espongono i materiali provenienti dalle abitazioni, sia da quelle patrizie ricche e sontuose che da quelle plebee più modeste, offrendo attraverso le diverse classi ceramiche ed i vari oggetti, uno spaccato di vita quotidiana. Tra le ultime scoperte è da segnalare il tesoretto di monete d'oro bizantine da Punta Scifo, che ricorda le vicende della guerra greco-gotica (VI secolo d.C), ma anche le innumerevoli ricchezze transitate dal Lacinio dal periodo greco fino alla tarda antichità.

La seconda sezione (viola) accoglie i rinvenimenti del santuario e si apre con il cippo dedicato ad Hera Eleutheria (“che scioglie i vincoli e libera”) con l'iscrizione in alfabeto acheo.

Seguono poi frammenti architettonici e parti di statue di marmo, oltre ai preziosi ex-voto in ceramica e metallo. E' stato riproposto uno spaccato della copertura marmorea del tetto del tempio A nell'ambito di un percorso che accoglie anche terrecotte architettoniche, gronde leonine, appartenenti ad altri edifici del santuario ancora solo parzialmente esplorati.

L'ultima sezione (blu), offre al visitatore il patrimonio di oggetti e di dati che il mare ha restituito. Importanti testimonianze delle rotte e dei traffici commerciali che interessarono la costa di Crotone. Le ricerche subacquee, iniziate già con Paolo Orsi, che nel 1915 recupera un carico di marmi nella baia di Scifo, hanno avuto grande impulso negli ultimi venti anni, permettendo il recupero di numerosi relitti, soprattutto di età romana, carichi di marmi pregiati lavorati e in blocchi ( immagini ), ma anche di navi del periodo greco che trasportavano vino e ceramiche di vario tipo.