La storia del museo inizia dopo il terremoto del 1915: la volta della chiesa della Madonna delle Grazie crollò e si procedette al restauro; durante questo, si accatastarono in alcuni locali della chiesa opere provenienti dalla stessa chiesa e da altri edifici di culto cittadini. Nei locali situati accanto alla chiesa madre di Santa Maria delle Grazie, un tempo sede di un convento degli agostiniani scalzi, una parte venne riservata a casa del priore, mentre l'altra ospitò il museo di arte sacra. Al termine della seconda guerra mondiale, nei locali liberati vennero ospitate le collezioni degli argenti e del costume, mentre nel chiostro fu allestito il museo delle tradizioni contadine e pastorali.

Il museo civico, voluto dallo storico Fiorenzo Amiconi e istituito ufficialmente il 21 ottobre 1986, è ospitato in sei sale. Le opere raccolte spaziano all'incirca dal XIV al XIX secolo. Nel 1990 lo spazio museale interno venne ampliato con la sezione etnografica e della civiltà contadina e pastorale e successivamente con quella riservata alla Repubblica Italiana. Lo spazio museale chiuso per un periodo dopo il terremoto dell'Aquila del 2009 è stato restaurato e riaperto il primo settembre 2018.