Il museo (alcune sale del quale conservano affreschi e soffitti decorati) è allestito presso il chiostro della cattedrale, in un’area che insiste sui resti di due basiliche paleocristiane risalenti al quarto e quinto secolo dopo Cristo, oggi parzialmente visitabili sotto lo stesso chiostro e sotto Sant’Elena, e che, con il chiostro, l’adiacente cattedrale e la stessa Biblioteca Capitolare, costituiscono l’ideale premessa alla visita. L'itinerario museale si sviluppa in sedici sale espositive, dove sono conservati reperti archeologici, opere e suppellettile liturgica, databili dal V al XX secolo.