La tradizione la considera la chiesa più antica di Venezia, costruita nel 421 da un carpentiere, tale Candioto o Eutinopo, che si sarebbe votato al santo titolare per domare un grave incendio. Studi più recenti hanno dimostrato però che l'edificio è molto più tardo: ad esempio, nella donazione degli Orio, documento del 1097, viene descritto il terreno su cui sorge senza citare la chiesa. La prima citazione certa risale invece al maggio 1152, dove si parla di un Henricum Navigaiosum plebanum sancti Johaninis et sancti Jacobi de Rivoalto. .

Nel 1513 scampò al grave incendio che devastò l'area commerciale adiacente e nel 1601 il doge Marino Grimani ne ordinò il restauro, durante il quale fu rialzato il pavimento per fronteggiare l'acqua alta.

Interessante l'esterno con il campanile a vela, il grande orologio (utile al mercato, che si svolgeva di fronte) e il porticato gotico, uno degli ultimi esempi del genere rimasti in città. L'interno segue il tradizionale schema a croce con una cupola centrale, imitato poi nel Rinascimento. La storia della chiesa è dunque legata al mercato di Rialto: testimonianza di ciò è un'iscrizione sull'abside esterno che invita i commercianti all'onestà. All'interno opere di Carlo Dolci, Girolamo Campagna, Alessandro Vittoria e Marco Vecellio.