Il museo, allestito presso la sacrestia della chiesa di S. Pietro Martire, custodisce dal 1815 arredi sacri, calici, argenti dal XII al XIX secolo, dipinti e arazzi dal Trecento all'Ottocento attinenti a chiese e conventi aboliti in epoca napoleonica, la maggior parte dei quali provenienti dalla demolizione della scuola di S. Giovanni dei Battuti. Degni di rilievo i dossali lignei intagliati e scolpiti, decorati con episodi della vita di S. Giovanni Battista da Pietro Morando (1652-1666). Si segnala inoltre la Pala dei Barcaioli, di Giovanni Agostino da Lodi (1500 circa), opera che testimonia la diffusione dei modi leonardeschi a Venezia. e la madonna in trono col bambino tra i ss. Girolamo e Zaccaria, di Francesco da Santacroce del 1507.