Il museo, situato all'interno della Basilica, conserva arredi, dipinti, arazzi e oggetti legati alla storia della Basilica: tra gli altri spiccano la "Pala Feriale" di Paolo Veneziano, una tavola lignea, databile alla metà del XIV secolo, dipinta con le storie di San Marco che anticamente ricopriva la Pala d'Oro, i quattro cavalli bronzei di San Marco, la celebre quadriga che capeggiava sul tetto dell’antico ippodromo di Costantinopoli fino al saccheggio della città per mano dei veneziani nel 1204, icone, vasi, anfore, ampolle, coppe egiziane, romane e bizantine appartenenti al tesoro di San Marco.

Dietro l'altare maggiore della chiesa si trova invece il capolavoro dell'oreficeria veneziana, la Pala d'Oro, incorniciata in stile gotico, in argento dorato e impreziosita da oltre 2.500 pietre preziose.

La visita si conclude sulla terrazza per ammirare l'area marciana verso la piazza, il Palazzo Ducale, il molo e, lontano, l'isola di San Giorgio, cuore della città e dell'antico stato.