Il museo raccoglie documenti (riproduzioni di cartelle cliniche, registri, stampe, fotografie) che introducono brevemente alla storia dell’ospedale, strumenti di contenzione (manette, blocca caviglie, manicotti, ecc.), docce per l’idroterapia, manufatti dei pazienti (dipinti, oggetti, ecc.), un pianoforte a testimonianza di un inizio di musicoterapia, varia strumentazione scientifica e clinica (microscopi, strumenti per elettroshock, ecc.). Nel museo sono esposte varie foto che riproducono la vita quotidiana del manicomio e una sezione di fotografie dei pazienti prima e dopo il ricovero a San Servolo.

Nel percorso museale è compresa l’antica farmacia settecentesca con scaffali originali in noce massiccio che espongono una straordinaria collezione di vasi farmaceutici. Si tratta di oltre 200 vasi di varie forme e dimensioni, quasi tutti con coperchio, e caratterizzati dall’effige del leone di San Marco, in giallo, disposto sopra il cartiglio, donati dalla Repubblica di Venezia alla farmacia dell’Ospedale in segno di stima per l’eccellenza del lavoro svolto dai frati speziali e di un’altra trentina di vasetti bianchi.

Completa l’esposizione museale una ricostruzione della sala anatomica contenente una raccolta di 11 crani e 12 cervelli, tutti patologici, conservati col metodo della plastinazione eseguito presso il Dipartimento di Anatomia e Fisiologia Umana dell’Università di Padova dal prof. Raffaele De Caro. Il tavolo anatomico originale e la strumentazione presente sono di fine ‘800, così come i vasi che servivano per conservare i cervelli immersi in soluzioni particolari.