Villa Draghi è un edificio a pianta quadrata che conserva alcuni elementi architettonici e compositivi che lo rendono un particolare esempio di architettura eclettica nel territorio dei Colli Euganei. Per i prospetti interni furono adottate scelte stilistiche inerenti alla rievocazione di un'architettura gotica con elementi tipici del Medioevo. Gli archi inflessi con decorazioni a trilobo, nel cui disegno sono leggibili ascendenze arabe e orientali, si ispirano al gotico veneziano. Anche lo schema della trifora centrale con finestre laterali ha matrice lagunare. Elementi tipicamente medioevali sono invece la merlatura ghibellina di coronamento e la decorazione a rombi, ocra e blu, delle facciate.

La villa è caratterizzata da un'elegante merlatura su tutti i lati e da elementi ispirati al Palazzo Ducale di Venezia, per recuperare quello che era ritenuto l'autentico modello architettonico veneto. Gli interni, privi di affreschi o di decorazioni particolari, riprendono gli schemi tradizionali della casa veneziana con un salone principale simmetrico al piano terra e al piano superiore una sala centrale che disimpegna le stanze laterali.