Il cuore del Museo è costituito dagli erbari, frutto di raccolte condotte da illustri botanici sulle Dolomiti Bellunesi. L'erbario più antico è quello di Alessandro Francesco Sandi, che risale alla prima metà dell'Ottocento; più recente è la raccolta di Francesco Caldart, realizzata a metà del '900; entrambe le collezioni sono proprietà del Comune di Belluno. L'erbario più recente e numericamente più consistente (circa 25.000 fogli) è quello di Cesare Lasen, di proprietà della Fondazione Cariverona.

I fogli d'erbario scansionati sono consultabili in due postazioni informatiche, senza pregiudizio per la conservazione degli esemplari. Dalle stesse postazioni si possono consultare anche checklist e banche dati relative alla flora e alla vegetazione del Parco.