I materiali del Museo sono esposti in 21 vetrine all'interno di due sale. Il Museo illustra gli aspetti geologici del territorio di San Bonifacio e, attraverso una ricca collezione di fossili provenienti da molte aree diverse, rappresenta tutte le Ere geologiche in un viaggio nel tempo che ci permette di capire le trasformazioni più importanti delle forme di vita avvenute sulla Terra fin dal lontanissimo Archeozoico (circa 4,6 miliardi di anni fa). Tra i fossili esposti ci sono alcuni esemplari provenienti dalle località fossilifere di Bolca. Inoltre si possono osservare 78 minerali raccolti in due vetrine.