Il Museo cominciò a svilupparsi a partire dal 1986 con lo scopo di tutelare, valorizzare e fare conoscere i tesori artistici della parrocchiale dei Santi Prosdocimo e Donato e di altre chiese del territorio.

Le opere custodite all'interno del Museo sono di diversa natura: pittura, scultura, arti applicate; tutte fondamentali per il loro valore artistico o storico. In primis la grandiosa "Cena in Emmaus", capolavoro datato 1537 di Jacopo Bassano, e il  "Compianto sul Cristo morto", attribuito ad Andrea da Murano, di fine '400. All'ingresso ad accogliere i visitatori si trova un'antica statua di Sant'Antonio Abate, che si colloca a cavallo tra il 1300 e il 1400, che ci svela a chi era dedicato il primo edificio sacro all'interno della città murata. A seguire dipinti, statue, oggetti sacri e paramenti liturgici che ci raccontano la storia e la fede di una comunità.