Il Museo Antoniano offre un percorso unico tra i tesori artistici realizzati, nei secoli, per la Basilica e per la Veneranda Arca di sant'Antonio: dipinti, sculture, gessi, paramenti sacri, arazzi, oreficerie, fino a oggi poco accessibili al pubblico.

Tra i capolavori del museo ci sono la lunetta con il Monogramma di Cristo tra due santi del Mantegna, già sul portale centrale della basilica, tarsie lignee del XV secolo, la Navicella dell'oreficeria tedesca del XVI secolo e pala d'altare di Tiepolo e Piazzetta. Una rarità è il paramento liturgico del XVIII secolo, tessuto a Lione.