Arilica, nome della cittadina durante il dominio romano, dovette sicuramente già essere fortificata, come sembrano dimostrare le fondazioni di due torrioni romani presso il ponte sul Mincio; d'altronde Arilica era base della flotta militare lacustre romana, e un centro così strategico doveva forzatamente essere protetto da possibili incursioni esterne. Agli inizi del XIII secolo venne nuovamente fortificata e quindi rafforzata durante il secolo successivo per opera degli Scaligeri e in special modo di Mastino II della Scala, a cui si deve la costruzione della Rocca e il completamento della cinta muraria.
Nel Quattrocento la piazzaforte di Peschiera passò sotto il controllo della Repubblica di Venezia, la quale decise di rinnovare le fortificazioni secondo i criteri adottati in quell'epoca: la cinta venne quindi terrapienata e bastionata su progetto redatto da Guidobaldo della Rovere, i cui lavori furono affidati a Michele Sanmicheli. Questa nuova cinta fortificata alla moderna seguiva l'andamento di quella medievale, quindi con cinque lati ma con cinque angoli protetti da bastioni (chiamati Guerini, San Marco, Contarana, Feltrin e Tognon).
All'interno della fortezza sono stati realizzati nel corso degli anni numerosi edifici a funzione militare, racchiusi da possenti cinte murarie in laterizio e difese da cinque baluardi, oggi denominati, partendo da quello settentrionale e in senso orario, bastione Querini, bastione San Marco, bastione Cantarane, bastione Feltrin e bastione Tognon, tutti realizzati tra il 1551 ed il 1553.
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