La prima citazione di una chiesa ad Enego, anch'essa intitolata a santa Giustina, è da ricercare in un atto del 1429 in cui si legge che era retta da un sacerdote di nome Bernardo. Nel settembre del 1539 la primitiva chiesa medievale venne demolita per farne sorgere al suo posto una nuova, a tre navate, la cui consacrazione fu impartita a maggio 1552. Questo edificio, che era stato decorato nel Cinquecento da Jacopo e Francesco da Ponte, venne distrutto nel 1613 da un incendio e immediatamente ne fu realizzato uno nuovo, che però venne a sua volta rovinato irrimediabilmente da un altro incendio nel 1762.

Opere di pregio conservate all'interno della chiesa sono la pala ritraente Santa Giustina di Padova con la palma del martirio assieme ai santi Antonio Abate, Rocco e Sebastiano, eseguita da Jacopo da Ponte nel XVI secolo, il dipinto dello sportello del tabernacolo, il cui soggetto è la Cena in Emmaus e realizzato da Francesco da Ponte, la tela con Gesù Cristo imprigionato, opera di Rina Maluta del 1933 e donata alla chiesa da monsignor Cerato, e gli affreschi ad encausto raffiguranti Gesù Cristo, la Beata Vergine Maria, santa Giustina Vergine e Martire, cinquantuno altre sante e alcuni dottori della Chiesa, eseguiti nel 1957 da Piero Favaro.