Fu edificata nell'VIII secolo da Faroaldo II duca di Spoleto, nei luoghi dove si tramanda abbiano vissuto gli eremiti Lazzaro e Giovanni. Secondo una leggenda il duca di Spoleto vide in sogno lo stesso San Pietro che lo invitò ad edificare nel luogo dell'attuale abbazia un monastero benedettino. Pochi anni dopo il duca rinunciò al titolo e si fece monaco nell'abbazia. Da allora il cenobio fu strettamente legato alla città di Spoleto accogliendo le spoglie di molti dei duchi della città. Il vecchio monastero è di proprietà privata e adibito a residenza alberghiera, mentre la chiesa appartiene alla curia.
La chiesa, che è rimasta come corpo separato rispetto all'abbazia, è ad una sola navata che risale al VII secolo; l'abside è del XII secolo. Conserva pregevoli affreschi medievali e rinascimentali di scuola umbra raffiguranti scene dell'Antico e del Nuovo Testamento.
Al II secolo risalgono invece quattro sarcofagi conservati nella chiesa, che per lo stile e le raffigurazioni fanno pensare ad artisti orientali.
Di epoca longobarda sono invece le due lastre dell'altare principale, scolpite a bassorilievo. Su quella che è fronte dell'altare corre una scritta in lingua latina, con curiosi caratteri misti maiuscoli e minuscoli: "Ilderico Dagileopa, in onore a san Pietro e per amore di san Leone e san Gregorio, per la salvezza dell'anima (pro remedio animae)". Ilderico fu duca di Spoleto tra il 739 e il 742. La lastra è inoltre adornata con due bizzarre figure, con le braccia piegate a 90° e levate verso l'alto, con il petto nudo e indosso un gonnellino corto.
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