Ubicato nel cuore della città stessa, il museo presenta un’imponente ricostruzione in ceramica decorata di San Gimignano quale era tra il XIII e il XIV secolo. Si può osservare l’armonioso sviluppo architettonico delle 72 case-torri affiancate da magnifici palazzi, fortificazioni, da conventi e chiese che offrono al visitatore la possibilità di capire lo svolgersi della vita all’interno di una città medievale ed apprezzare ciò che si è preservato durante sette secoli di storia.

Il percorso nelle sale del museo comprende diversi momenti espositivi: la presentazione grafica dettagliata della via Francigena; la ricostruzione in scala 1:100 dell'intero centro storico cittadino; la ricostruzione architettonica di una casa-torre sezionata e dei suoi spazi interni; l’allestimento scenografico di momenti di vita medievale all'interno delle mura; pannelli illustrativi della storia di San Gimignano dall’epoca Etrusca ai giorni nostri; i dettagli della vita contadina ed artigiana all'esterno delle mura di fortificazione; la ricostruzione in spaccato di un palazzo con le sue diverse stanze.

La Ricostruzione architettonica del Convento di San Francesco, completamente demolito nel XVI secolo; un’area per l’informazione interattiva relativa alle fasi d’allestimento delle opere, presentate nel museo ed all’approfondimento degli aspetti storico-scientifici del medioevo toscano, l’allestimento di alcuni abiti medievali su manichini disposti lungo il percorso museale, che descrivono i personaggi del tempo, la nobil donna, il cavaliere, il soldato semplice, il popolano e la contadina.