La zona espositiva del museo organizzata in due grandi spazi si trova al primo piano ed ospita anche uno spazio funzionale per proiezioni e didattica audiovisiva. All’interno del museo, lungo il corridoio sono presenti anche pannelli con informazioni di carattere storico e mineralogico.

La parte espositiva è organizzata in 12 teche. All’interno del museo sono presenti minerali storici che provengono dal territorio di Campo nell’Elba, c’è poi una zona dedicata all’esposizione dei minerali di ferro messi a disposizione dal Parco Minerario di Rio Marina ed una sala è invece dedicata all’esposizione delle rocce da cui si estraggono i principali minerali dell’Isola d’Elba.

Uno spazio espositivo è inoltre dedicato alle gemme, messe a disposizione da numerosi donatori privati, fra le quali molte provengono dalla collezione del prof. Federico Pezzotta, curatore del Museo Mineralogico di Milano.