Il Museo offre una documentazione sulle persecuzioni nazifasciste attuate dopo l'emanazione delle leggi razziali, affiancata da un'esposizione degli oggetti d'arte sacra provenienti dalla Sinagoga.

Da segnalare il pregevole Hekhàl in legno intagliato, che scampò ai bombardamenti della Sinagoga; secondo la tradizione esso fu portato a Livorno dagli ebrei provenienti dalla Penisola Iberica.

Importante è anche la collezione di oggetti in corallo, attività, quella della lavorazione del corallo, verso la quale erano dediti molti appartenenti alla comunità ebraica livornese.