L’interno del Museo comprende tre sale espositive ed una sala per conferenze, seminari, proiezioni e ancora tre locali più piccoli adibiti a ufficio e laboratori con strumenti scientifici, computer e schedari. Le collezioni esposte, frutto di anni di paziente lavoro di ricerca sul territorio e di donazioni, sono varie e interessanti.

Nella prima sala sono presentate numerose conchiglie del Mediterraneo ed esotiche, coleotteri, farfalle, aracnidi e rettili delle nostre zone. Delle altre due, una è dedicata esclusivamente alla zoologia, particolarmente all’ornitologia, con una eccezionale collezione di uccelli acquatici, l’altra raccoglie minerali, fossili, una spermoteca con raccolta di semi di piante selvatiche ed un erbario con oltre mille specie di piante tipiche del nostro comune, presentato in maniera originale. E’ inoltre presente anche un erbario micologico dei funghi delle nostre macchie.

All’esterno, nell’ampio cortile, è sorto un Orto Botanico dove si possono osservare piante ed essenze tipiche della Macchia mediterranea, delle dune costiere e di altri ambienti particolari della zona.