Il museo, predisposto nell'Abbazia di San Caprasio (fondata dal marchese di Toscana Adalberto I nell'884), conserva i ritrovamenti dei recenti scavi archeologici e le reliquie di San Caprasio, ritrovate durante gli scavi del 2003, contenute in un rarissimo reliquiario in stucco, protetto da lastre di marmo sormontate da una copertura in tufo.

Inoltre nell'ambiente museale sono stati ricreati gli abiti medievali dei tre personaggi principali che vissero nell'abbazia (l'abate, il monaco e il pellegrino) e sono esposte: pietre, monete, ceramiche, il pregiato portale, la fornace per campane del X secolo e il meraviglioso "Vangelo di Pietra".