Sono ancora presenti e conservati gli ambienti interni e quelli esterni della Casa Rossa, strutture tecnologiche, chiuse, paratie e ingranaggi vari, che seppure non più utilizzate sono ancora funzionanti. Sotto il corpo principale del fabbricato vi è il sistema di cateratte ideato da Leonardo Ximenes per permettere di controllare il flusso delle acque.

Sui due piani dell'edificio il museo multimediale permette al visitatore di conoscere la flora e la fauna della riserva naturale grazie a pannelli esplicativi, oltre che informarlo sulla storia e la formazione del padule, e sulle varie attività che qui venivano praticate: pesca, caccia e raccolta di piante spontanee.

Interessanti alcuni oggetti tradizionali qui esposti, come ad esempio le reti dei pescatori: vi sono le nasse, caratterizzate da un'apertura a imbuto che permetteva la cattura dei pesci senza consentire loro di uscire; vi è il bertovello, rete destinata alla pesca delle anguille; vi è il tramaglio, un tipo di rete da posta fissa. Tra gli oggetti per la caccia si segnalano la botte, trappola da postazione fissa, e le anatre di legno che venivano utilizzate come richiami.

Dal museo è possibile prenotare visite guidate alla riserva naturale Diaccia Botrona, con escursioni a piedi, in bicicletta e in barca, ed effettuare attività di birdwatching. Spesso la struttura è utilizzata per ospitare eventi ed iniziative culturali, tra cui workshop di fotografia naturalistica, esposizioni artistiche e artigianali, rassegne musicali e teatrali.