La collegiata di Sant'Andrea è il principale luogo di culto di Empoli. La chiesa è stato l'elemento attorno a cui è sorto il castrum Impoli, a partire dal 1119.

L'interno appare nella veste conferitagli dopo la ricostruzione a seguito dei danni bellici ed è la fedele riproduzione del rifacimento progetta da Ferdinando Ruggeri. La struttura è a pianta a croce latina, avente ampia navata unica con cinque cappelle per lato, profondo transetto ed abside a pianta quadrangolare coperta con cupola. Prima della guerra il soffitto della navata era decorato con la Gloria di Sant'Andrea opera di Vincenzo Meucci e Giuseppe del Moro del 1761-1763, quest'opera è andata completamente distrutta e fu completamente ridipinta ad affresco dai pittori empolesi Virgilio Carmignani e Sineo Gemignani nel primo dopoguerra. Nella controfacciata è collocato un affresco raffigurante il Redentore opera di Raffaello Botticini.

Nella fiancata destra nella prima cappella è collocato un Crocifisso ligneo del XIV secolo considerato miracoloso in quanto avrebbe fatto cessare l'epidemia di peste che sconvolse Empoli nel 1399; sul soffitto è presente un ciclo realizzato nella seconda metà dell'Ottocento da Ferdinando Folchi, che rappresenta la Gloria dei simboli della Passione.

Nella seconda cappella di destra si trova un affresco staccato attribuito a Maestro Francesco e raffigurante il Martirio di Santa Lucia. Nel transetto sinistro si trova all'altare la statua della Madonna opera della bottega di Benedetto e Buglioni e al pilastro destro la tela raffigurante San Giuseppe opera dell'Empoli. Sulla parete fondale dell'abside Ferdinando Folchi dipinse il Martirio di Sant'Andrea.

Il presbiterio si protrae al di fuori dell'abside nella parte terminale della navata ed è delimitato da una balaustra marmorea che forma due semicerchi. Nella parte anteriore, è allestito il presbiterio conciliare, con arredi mobili in legno. Nell'abside, invece, rialzato di alcuni gradini, vi è l'altare maggiore barocca. Questo è in marmi policromi e presenta al centro il tabernacolo; al di sopra di esso si trovano il trittico opera di Lorenzo di Bicci e di Bicci di Lorenzo che raffigura la Madonna col Bambino tra i Santi Martino, Andrea, Agata e Giovanni Battista e un crocifisso ligneo scolpito barocco. Da una porta sulla sinistra si entra in due oratori e all'altare del primo si trova un'"Ultima Cena" eseguita da Egisto Feroni e copia di un dipinto del Cigoli distrutto durante la guerra. Sulla cupola è presente un dipinto del Folchi con le tre Virtù.