Il museo vero e proprio si trova al secondo piano dell'edificio dove ha sede il Centro studi musicali intitolato a Busoni, che invece occupa il piano terra.
All’interno si possono trovare il manoscritto per canto e pianoforte risalente al 1907 della prima opera lirica di Busoni “Die Brautwahl”, il libretto originale, in edizione a tiratura limitata, dell’opera “Die Brautwahl”, illustrato con bozzetti e figurini da Karl Walzer (primo scenografo e costumista dell’opera), il manoscritto di una composizione di Busoni per pianoforte a 4 mani, “Finnländische Volksweisen”. E ancora un fondo di circa trenta lettere autografe contenente, tra l’altro, il carteggio con il musicista Felice Boghen e il Fondo Anzoletti contenente circa 20 lettere di Busoni e circa 50 lettere della moglie Gerda, indirizzate ad Emilio Anzoletti; l’autografo della prolusione di Luigi Dallapiccola per le celebrazioni busoniane del 1954.
Completano l’offerta museale oltre 100 foto d’epoca di Ferruccio Busoni e della sua famiglia, programmi d’epoca dei concerti tenuti da Busoni e articoli di giornali italiani ed esteri riferiti a Busoni; varie locandine delle manifestazioni busoniane dal 1954 in avanti.
Nelle sale espositive, è visibile anche un busto in marmo del musicista opera dello scultore Antonini e un pianoforte d’epoca sul quale Busoni suonava durante i suoi soggiorni empolesi.