Nel 1046 i monaci avevano edificato un piccolo ospedale per poter curare gli ammalati dei paesi vicini. In quella struttura i pazienti venivano curati gratuitamente e l'assistenza sanitaria veniva garantita dal medico di Poppi che era stipendiato dagli stessi monaci che, in caso di decesso, provvedevano a loro spese a garantire le esequie e la sepoltura. Le salme venivano deposte nei loculi situati sotto il pavimento del corridoi inferiore. L'ospedale rimase in uso fino alla soppressione napoleonica del 1810.

Dell'ospedale rimane l'antica Farmacia o meglio l'antico laboratorio galenico dove venivano preparate e lavorate le erbe per la preparazione dei medicinali. Nel monastero sono conservati documenti con al loro interno ricette risalenti al XV - XVI secolo. Si conservano ancora molti strumenti facenti parte dell'antico gabinetto galenico come alambicchi, mortai, fornelli e sono ancora presenti libri e prontuari medievali.