La prima fase di costruzione della villa è datata al I secolo a.C. ed è costituita principalmente da un complesso residenziale rustico e da una area produttiva ad uso agricolo, prettamente legata alla lavorazione e produzione dell'olio di oliva. Il sito è ubicato presso il Seno del Varignano Vecchio, affacciato sul mare, tra la zona del santuario delle Grazie e, a nordest, del forte militare omonimo.
Il quartiere padronale, pars urbana, e la zona produttiva, pars fructuaria, sono separate da una corte che fungeva a luogo delle lavorazioni del torcularium (frantoio per olio). Gli appartamenti del dominus furono concepiti per uno sviluppo orizzontale, con atri pavimentati a mosaico e stanze per il riposo giornaliero e notturno. L'impianto per la lavorazione dell'olio, erano presenti due torchi per la spremitura e una cella olearia a cielo aperto, rimase attivo fino al I secolo d.C.
È in questo periodo storico che l'area del fattore (vilicus) subì una significativa trasformazione architettonica, chiamata per l'appunto "seconda fase", con la costruzione di un impianto termale privato con locali riscaldati e vasche per i bagni freddi. Per lo scopo fu realizzata una cisterna voltata, considerata pressoché unica nel suo genere rispetto ad analoghi edifici romani dell'Italia settentrionale.
Cessata l'attività legata all'olio di oliva, la stessa residenza romana fu frequentata fino al VI secolo.
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