Nel 1648 don Lorenzo de' Medici fu tra i fondatori dell'Accademia drammatica, il primo esempio di scuola e compagnia stabile di teatro di prosa in città, che aveva la sua sede in via del Parione e che da lì fu presto traslocata quando nella zona fu costruito il palazzo Corsini al Parione. Con la protezione del cardinale Giovan Carlo de' Medici si iniziò a usare il teatro del Cocomero, che era stato da poco costruito da Niccolò degli Ughi e nel quale furono rappresentate tragedie e commedie classiche, nobile svago di aristocratici e della stessa famiglia granducale.

In quel periodo si assisteva ad un gran fiorire di accademie e associazioni, e presto si ebbe una filiazione del gruppo dei teatranti che si divise e una parte del quale iniziò il sodalizio del teatro alla Pergola, dove principalmente si rappresentavano i nuovissimi melodrammi.

La parte rimasta al teatro Niccolini prese il nome di Accademia degli infocati, con il motto "a tempo infocato" e come simbolo una bomba, che ancora si può vedere sopra la lunetta dell'accesso principale al teatro; alla Pergola invece nacque l'Accademia degli immobili con il motto "in sua movenza è fermo" e questi opposti paradigmi possono dare una chiara idea di come fossero eterogeneamente distinti i due schieramenti.

Nel 1657 avvenne la prima assoluta di Scipione in Cartagine e nel 1674 di Tacere et amare di Jacopo Melani, nel 1707 di Vincer se stesso è la maggior vittoria del giovane Händel.

Il teatro in via del Cocomero così prese anche la denominazione di "teatro degli Infocati", mentre nel 1861 acquistò la denominazione di "teatro Niccolini" in onore a Giovanni Battista Niccolini, grande tragediografo pisano scomparso in quell'anno.