Secondo quanto riportato nel Liber Pontificalis, la città venne fondata da papa Leone IV il 15 agosto dell'anno 854 per dare una sede più sicura ai cittadini di Centumcellae (Civitavecchia) e alla relativa diocesi, essendo la città colpita dalle razzie dei Saraceni sulla costa tirrenica. Il papa secondo il suo biografo avrebbe dato alla nuova città il nome di Leopoli, ma in tutti gli atti si trova, nei primi secoli, il nome di Centumcellae, civitas o castrum centumcellensis, in seguito mutato in Centucelle, Cincelle, Cencelle.

La nuova città fu fondata su una diramazione della via Aurelia, su un'altura facilmente difendibile tra il fiume Mignone e il suo affluente Melledra, che era stata occupata anticamente anche dagli Etruschi. Al momento della fondazione furono costruite le mura cittadine, una prima chiesa, sede episcopale, con annesso cimitero e abitazioni in legno, successivamente sostituite da case e palazzi in muratura. La chiesa principale dedicata a San Pietro venne ricostruita più grande tra la fine dell'XI e gli inizi del XII secolo.

La città venne danneggiata dal terremoto del 1349 e gli edifici vennero successivamente restaurati. Decadde progressivamente e agli inizi del XV secolo le terre risultavano secondo le fonti "distrutte e inabitate". Nella seconda metà del Quattrocento l'area cittadina fu utilizzata nell'ambito dello sfruttamento delle miniere di allume dei monti della Tolfa e nel Seicento fu probabilmente centro di un'azienda agricola.