L'edificio risale al periodo compreso tra 1592 e 1600, progetto di Antonio e Tommaso Contin e Alessandro Vittoria per ospitare una scuola formatasi nel Quattrocento a partire da due confraternite: Santa Maria della Consolazione e San Girolamo. Trovando sede presso San Fantin, la scuola ne assunse il nome, specializzandosi nel compito di dare gli ultimi conforti ai condannati a morte: perciò veniva detta anche "Scuola della Buona Morte" o dei Picai (veneziano per "degli impiccati"). La scuola è attiva fino al primo decennio dell'Ottocento, quando subisce le repressioni napoleoniche, che ne decretano la chiusura; è allora che molte opere contenute nella cappella della scuola (attuale Aula Magna) vengono disperse o trasferite, come le statue che oggi hanno sede alla Basilica dei Santi Giovanni e Paolo.